국립해양생물자원관은 새로운 국제적 추세에 대응하고 해양생물자원의 종합적 관리와 생물주권 확립을 위하여 건립되었다. 

생물자원의 확보경쟁이 벌어지는 국제사회에서 국립해양생물자원관은 우리나라 해양에 서식하는 해양생물에 대한 주권적 권리 확보를 통해 자원부국의 꿈을 이루는 것이 이 기관의 목표다.